…と言うか、Misskeyがノートの内容に対する内部表現（intermediate representation）をMFMからHTMLに変えてくれればそれで良いと思います。

勿論、内部表現はHTMLにしても、ユーザー入力はMFMやCommonMarkやGFMで大丈夫だと思います。あくまで内部表現をHTMLでやって欲しいという話です。 当然、出力する時はXSSフィルタを通す必要が有ります。